約有30%的不育個案是由於男性生殖系統問題所引起，主要是精子的製造或輸送不良。
精子製造異常
這是男性不育的最常見成因，有75%的個案由此引起。其中包括精子數量過低、精子活動能力較弱以及精子形狀異常。有關病變可能是由基因缺陷、感染、睾丸損傷，荷爾蒙失調、輻射或者某類藥物引起。
生理結構問題
不育可能由製造或輸送精子的管道出現阻塞或閉塞而引致。睾丸感染，睾丸癌或者進行手術後都會嚴重影響精液的品質；而射精管阻塞或閉塞有可能令精子無法到達陰道。
免疫系統病變
在此情況下，男性的抗體會攻擊自身的精子，從而影響其授精能力。
